机构财务规则(财政部令第68号)。
固定资产和折旧计算不当。《规则》没有明确规定如何计算固定资产的价值损失。事业单位只计算固定资产的账面价值，不计算折旧，存在一定的弊端。一是不折旧的固定资产不仅降低了人为获取相应收益的成本，从而增加了盈余，而且未能真实客观地反映会计配比原则。二是固定资产的价值管理偏离实物管理。随着时间的推移，固定资产的原值与当前净利润之间的差异越来越大。第三，过度增加净资产。《规则》规定“固定资产”与“固定资金”之间存在互利关系，固定资金按固定资产账面价值入账，事业单位净资产不能反映资产的实际价值；第四，虚增成本和虚增余额。事业单位购买、建设、核算固定资产时，计入“业务费用——未熏蒸、未夯实、未正确入账的亏损李子”科目。
引入权责发生制原则。根据《规则》第六十六条，部分行业根据成本核算和绩效管理的需要，可以将权责发生制引入行业和机构的财务管理体系。权责发生制的引入打破了《规则》年收支计量确认的界限。0事业单位财务会计导入权责发生制。根据比形式更注重实质的原则，将现金制和权责发生制结合使用。
国库集中支付通过《规则》滞后带来更多的添加剂。2005年以来，行政事业单位国库集中支付制度改革全面实施。由于经济水平、改革环境、管理模式的巨大差异，改革的实施给当前的《规则》带来了巨大的冲击波。一是会计监督机制不健全。国库集中支付后，财政部门通过结算中心全方位管理事前、事件中、事后的预算资金，将预算资金的审查、管理和监督权高度集中在财政部门，谁监督财政就成为新的问题。同时，资金和资金的控制权集中在预算部门之外，因此与《规则》中规定的事业单位财务管理任务之一“财务控制和单位经济活动监督”的财务监督不一致。二是会计不规范。关于专项资金支付，必须报告专项资金支付计划，确保专项资金专用，核查资金支出和余额，核查国库网络和机构授权的账面支出，将专项资金余额转入下一年度预算。三是财政支付的建设专项资金通过国库集中支付方式支付给业务资金“零余额账户贷款额”，但由于建设财政是独立于业务资金的会计体系，两个相对独立的会计体系不能共享相同的账户和贷款额，其他会计实务问题也与《规则》不挂钩
固定资产的确认和之后的计量有了突破。0第四十条固定资产确认为：原普通设备单位价值500元以上，特种设备单位价值800元以上起增加到单位价值1000元以上(其中特种设备单位价值1500元以上)。随着经济的发展和物价的普遍上涨，旧的《规则》固定资产价值标准明显偏低，一些低价消耗品特点明显的项目因单位价值达到规定金额，需要按固定资产核算，影响了会计信息的质量。因此，提高固定资产的价值符合当前市场经济的价值要求。
第三条事业单位财务管理的基本原则是执行国家有关法律、法规和财务规章制度，坚持勤俭节约的原则；正确处理职业发展需求与资本供给、社会效益与经济效益、国家、单位与个人利益的关系。
第四条事业单位财务管理的主要任务是合理编制单位预算，严格执行预算，完整准确地编制单位决算，真实反映单位财务状况。要健全依法组织收入、节约支出的财务制度，加强经济核算，开展绩效考核，加强提高资金使用效率的资产管理，合理配置和有效使用资产，防止资产流失；加强对公司经济活动的财务控制和监督，防范财务风险。
第五条事业单位的财务活动由单位财务部门在单位负责人的指导下管理。
第三条事业单位财务管理的基本原则是执行国家有关法律、法规和财务规章制度，坚持勤俭节约的原则；正确处理职业发展需求与资本供给、社会效益与经济效益、国家、单位与个人利益的关系。
第五条事业单位的财务活动由单位财务部门在单位负责人的指导下管理。
第七条国家对事业单位实行核定收支、定额或定额补助、不弥补超额支出、结转和聘任使用等预算管理措施。
